組合に加入できますし、不利益を受けることはありません。

• 文部科学省の見解
  条件付き採用職員は、…職名、給与の取り扱いは正式採用職員と変わらず、職務遂行についても同じ服務規律の下にあり、義務違反には懲戒処分が科せられ、また、勤務条件の措置要求、職員団体の結成及び加入ができ、共済組合の組合員となる資格があることは、正式採用職員と同様である
  　
• 地方公務員法第５６条
  職員は、職員団体の構成員であること、職員団体を構成しようとしたこと、もしくはこれに加入しようとしたこと又は職員団体のために正当な行為をしたことの故をもって不利益な取り扱いを受けることはない